Putkilahti-Ruskeaperä (698 ha) kuuluu valtakunnalliseen lintuvesiensuojeluohjelmaan ja valtakunnalliseen soidensuojeluohjelmaan. Kohde on myös liitetty kansainvälisesti merkittävien kosteikkojen luetteloon eli ns. Ramsar-kohteeksi. Lisäksi Putkilahti-Ruskeaperä on Corinekohde.

Järvi on kokonaisuudessaan matala, minkä vuoksi sinne on kehittynyt linnustolle soveliaita ruovikoita. Ruskeaperä on yhteydessä Putkilahteen kapean, osin ruopatun väylän kautta. Järveä ympäröivillä soilla on parikymmentä erilaista suotyyppiä, joista runsaimpia ovat rämeet ja yhdistymätyypit. Järven luoteispuolella sijaitsee turvetuotantoalue, josta valuu vesiä alueelle.

Järvi ja suoalueet muodostavat yhdessä merkittävän kokonaisuuden, joka antaa mahdollisuuden monipuolisen linnuston esiintymiselle. Linnustossa esiintyvät mm. kaulushaikara, ruskosuohaukka, joutsen, kurki, mustakurkku-uikku sekä useita sorsalintulajeja. Järven ympäristössä esiintyvät suot muodostuvat monipuolisista suotyypeistä, joissa vallitsevina esiintyvät erilaiset evatyypit.